कंप के कारण रेल सेवाओं पर भी आंशिक असर पड़ा है. टोक्यो और नरीता हवाई अड्डे को जोड़ने वाली एक्सप्रेस ट्रेनों और कुछ स्थानीय रेल लाइनों के संचालन में देरी दर्ज की गई. ईस्ट जापान रेलवे कंपनी के अनुसार, शिंकानसेन बुलेट ट्रेन सेवाएं सामान्य रूप से जारी रहीं.